9月5日，成都市人民检察院依法对王立军涉嫌犯罪提起公诉，检方观点如下：
徇私枉法
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参见：海伍德死亡案；徇私枉法罪和郭维国、李阳、王鹏飞、王智徇私枉法案
检方称，王立军明知薄谷开来有故意杀人重大嫌疑而包庇，但王后来对薄谷开来涉嫌杀人案重建档案、调查补证、保留物证，向国家有关部门反映并提供有关证据材料，可酌情从轻处罚[2]。
叛逃
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参见：王立军事件和叛逃罪
检方认为，王立军叛逃美国驻成都总领事馆，但犯罪后自动投案属自首。
滥用职权
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参见：滥用职权罪、窃听和间谍器材
起诉书指控，2010年以来，王立军未经批准或者伪造批准手续，先后对多人使用技术侦查措施[3]。
受贿
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参见：受贿罪
起诉书指控，王立军利用职务便利非法收受他人财物共计折合人民币305万余元（合约47.5万美元）。
2008年9月（王立军时任重庆市公安局常务副局长）、2009年11月（2009年3月起任局长），大连世源贸易有限公司法定代表人于俊世先后两次为其支付在重庆租住的别墅租金共计20万元。2009年10月，王协助于俊世释放已被羁押犯人。
2009年4月，大连实德集团有限公司董事长徐明出资285万余元，为王的直系亲属在北京购买两套住房，房屋以其岳父名义购买。此后，王协助徐明释放已被羁押犯人。