3DS《口袋妖怪OMEGA红宝石》和《口袋妖怪ALPHA蓝宝石》复刻版主要区别在于限定精灵，此外还有一些其他的不同，下面跑跑车为玩家详细总结了两个版本具体的不同之处，方便玩家入手时做选择。
一、传说神兽
Omega RubyAlpha Saphhire传说PMグラードンカイオーガ分类たいりくポケモンかいていポケモン属性地面水特性ひでりあめふらしOmega RubyAlpha Sapphire传说PM的远古回归ゲンシグラードンゲンシカイオーガ分类たいりくポケモンかいていポケモン属性地面/炎水特性おわりのだいちはじまりのうみ专用技だんがいのつるぎこんげんのはどうOmega RubyAlpha Sapphire准传说PMラティオスラティアス分类むげんポケモンむげんポケモン属性ドラゴン/エスパードラゴン/エスパー特性ふゆうふゆう专用技ラスターパージミストボール可获得的旧作传说PMOmega RubyAlpha Sapphireジョウト伝説ホウオウルギアホウエン伝説グラードンカイオーガシンオウ伝説パルキアディアルガイッシュ伝説レシラムゼクロムイッシュ準伝説トルネロスボルトロス二、可遇PM
出现地点Omega RubyAlpha Sapphire石の洞窟目覚めのほこらチャンピオンロード空の柱クチートヤミラミ流星の滝ソルロックルナトーン102番道路114番道路タネボーハスボー114番道路コノハナハスブレロ114番道路ザングースハブネーク112番道路ナゲキダゲキ105番水道106番水道107番水道108番水道109番水道クズモーウデッポウ103番道路110番道路カラナクシ（にしのうみ）カラナクシ（ひがしのうみ）110番道路マイナン的出现率高プラスル的出现率高117番道路イルミーゼ的出现率高バルビート的出现率高炎の抜け道ドガース的出现率高ベトベター的出现率高三、化石PM
入手地点Omega RubyAlpha Sapphireマボロシの場所カブト（こうら的化石）オムナイト（かい的化石）タテトプス（たて的化石）ズガイドス（ずがい的化石）アーケン（はね的化石）プロトーガ（ふた的化石）四、mega进化石
ORAS的mega进化石本身是一样的，只是入手方法有部分不同的地方。
五、恶之组织
Omega RubyAlpha Sapphire恶之组织マグマ団アクア団友方组织アクア団マグマ団组织BOSSマツブサアオギリ组织手下ホムラ·カガリイズミ·ウシオ敌人的据点マグマ団アジトアクア団アジト